En 1890, le professeur Tiberghien fait refuser la thèse en psychologie de Georges Dwelshauvers. Dans ce conflit, Guillaume Tiberghien, professeur - entre autres - de philosophie, de métaphysique et de psychologie depuis 1848, incarne le symbole des premières générations de professeurs à l'ULB : anticléricaux en politique et spiritualistes en philosophie. Il professe le krausisme, sorte de rationalisme chrétien. Il fait rejeter par la faculté la thèse de Georges Dwelshauvers sous le motif qu'elle jure avec son enseignement, avec les traditions de la Faculté et avec les principes de l'Université.  Cette thèse exprime une tendance nettement positiviste. Ce refus a pour conséquence immédiate une contestation violente et le premier conflit ouvert de l'université.
 
     
 
Guillaume Tiberghien  /  Georges Dwelshauwers

En effet, ce n'est pas la première fois que les étudiants accusent les autorités académiques de violer le principe sur lequel repose l'université : le libre examen. Certains professeurs comme Léon Vanderkindere ou Hermann Pergameni, jugeant que cette thèse est un travail sérieux vont la défendre. Malgré tout, en juin, la faculté en refuse la défense et le notifie au concerné, sans pour autant se justifier. Georges Dwelshauvers proteste auprès du Conseil d'Administration - dont une partie le soutient - et le met dans l'embarras car ce dernier, ne voulant pas blâmer la Faculté tout en réaffirmant son attachement au libre examen, entérine le refus de la thèse sous le motif d'une valeur scientifique insuffisante.

A la rentrée académique suivante, le 13 octobre 1890, les étudiants - sous la direction de  George Garnir - chahutent et sifflent le discours du Recteur (partisan du rejet). Le Président du Conseil fait intervenir la police. Cette violation de leurs privilèges attise plus encore leur colère. Le Recteur démissionne et l'agitation se calme. Il n'y a pas d'autre crise avant 1894, mais le mécontentement et la méfiance des étudiants à l'égard sur Conseil subsiste. En 1892, Georges Dwelshauvers présente une nouvelle thèse et est reçu docteur spécial en philosophie. La même année et ce, afin que ce genre d'épisode ne se reproduise plus,  Charles Graux donne au libre examen une nouvelle définition, ayant une portée plus large que le simple anti-dogmatisme qui prévalait auparavant : 

Le libre examen, tel qu'on l'entendait alors, c'était surtout la vérité puisée aux sources de la raison, le dogme exclu du domaine de la science [...] aujourd'hui, d'autres doctrines revendiquent une place à côté des premières dans l'enseignement supérieur et l'Université de Bruxelles trahirait son principe si elle tentait de les proscrire. Le libre examen dans son application actuelle, a pris un sens moins précis et plus large. Ce n'est pas seulement le refus d'accepter le dogme comme source de la vérité scientifique, c'est une liberté égale assurée aux systèmes divergents, à la seule condition qu'ils aient acquis droit de cité dans le domaine de la science (Charles Graux, rapport annuel ... 1891-1892).

 
Charles Graux
 
Quatre ans plus tard (1893-1894)

Les autorités académiques sont à nouveau accusées de violer le principe du libre examen. Début 1894, le Conseil d'Administration ajourne le cours de géographie que devait donner le géographe renommé et anarchiste  Élisée Reclus. « L'Affaire Reclus » va canaliser tous les mécontentements jusqu'à sortir des murs de l'Université, pour se conclure par la création de l'Université Nouvelle.

En 1892,  Hector Denis, suite à des démarches auprès du géographe lui-même, fait approuver sa nomination pour la chaire de Géographie comparée par la Faculté des sciences. Il commet pourtant l'erreur de communiquer l'issue du débat au principal intéressé avant de faire approuver la décision par le Conseil d'Administration. En tant qu'administrateur-inspecteur,  Charles Graux proteste contre cette entorse au règlement, mais pour finir, le Conseil nomme Elisée Reclus à l'agrégation et le charge de donner le cours à l'École des Sciences Sociales. Celui-ci, souhaitant terminer l'ouvrage qui va servir aux leçons, répond qu'il pourra commencer ses cours début 1894.

En France, le 9 décembre 1893, l'anarchiste Auguste Vaillant fait exploser une bombe à la Chambre. Il n'y a aucun mort à déplorer, mais cet acte frappe les imaginations et la police française penche pour la thèse d'un complot anarchiste dont Auguste Vaillant serait la tête. La chasse aux anarchistes commence. Perquisitions et saisies s'étendent à la famille Reclus, anarchistes notoires. Et même s'ils sont plus tard innocentés, le mal est fait. Quand  Hector Denis propose l'ouverture du cours, il se heurte au Conseil qui refuse de donner un cours à un anarchiste militant. Certains craignent des manifestations, d'autres que ce choix nuise à la dignité de l'Université. En janvier, le Conseil fait savoir à Elisée Reclus, qui l'a appris par les journaux entre-temps, qu'il a décidé d'ajourner l'ouverture de son cours. La protestation des étudiants ne se fait pas attendre. Le Cercle universitaire (présidé par Arthur Hirsch) vote un blâme à l'encontre du Conseil pour l'atteinte portée à l'encontre du libre examen. Ils envisagent par ailleurs de remédier à cet ajournement indéfini en organisant eux-mêmes la venue d'Elisee Reclus. Le lendemain, quatre autres cercles votent une motion de soutien à ce blâme et font déposer à  Charles Graux et au Conseil leur ordre du jour concernant ces votes.
Quelques jours plus tard, Charles Graux convoque les présidents des cercles. Il leur fait savoir qu'ils peuvent organiser comme bon leur semble la venue du géographe, mais qu'il trouve offensante la communication de leurs ordres du jour. Il les prie par conséquent de venir la retirer, sous peine de mesures disciplinaires. Ayant réitéré l'assurance que ces propos ne se veulent pas offensants, les présidents préviennent qu'ils vont rapporter aux étudiants les termes de cet échange. Et le 13 janvier, ce ne sont plus quatre mais dix-sept cercles qui déclarent, avec trente-huit signataires, ne reconnaître à aucune autorité le droit de leur défendre de penser ce qui leur plaît et de déclarer ce qu'ils pensent et passent outre aux menaces de l'administrateur-inspecteur.

C'est Paul Janson [Photographie ci contre] qui prend la tête du mouvement de protestation extra-universitaire, composé, pour beaucoup, d'anciens étudiants de l'ULB. Il crée le Comité Janson, constitué d'avocats, de députés, de journalistes (dix-huit signataires parmi lesquels trois professeurs de l'ULB : Dr. Crocq (médecine), Guillaume De Greef (droit) et E. Monseur (philosophie, membre du Conseil d'Administration), mais aussi Louis de Brouckère, Edmond Picard ou encore Emile Verhaeren).  Ce Comité décide d'encourager les étudiants à tenir tête au Conseil en publiant un « Appel aux étudiants » ainsi que de les aider à faire venir Elisée Reclus. L'Appel se termine sur ces mots : Ne faiblissez pas ! On parle de vous contraindre à la soumission. C'est vous qui avez le droit de crier à la pédagogie arrogante et oppressive : se soumettre ou se démettre ! Sur trois professeurs de l'ULB signataires de cette pétition, deux se rétractent. Seul Guillaume De Greef refuse et voit son cours immédiatement suspendu.

Charles Graux suggère que les étudiants signataires comparaissent un à un devant le Recteur, renient la résolution selon laquelle ils reconnaissent passer outre aux menaces et qu'en cas de refus, ils soient exclus de l'université. Hector Denis s'y oppose immédiatement, mais le Conseil vote cette motion à l'unanimité. La totalité du corps professoral, convoquée par Hector Denis, soutient également la décision du Conseil. Celui-ci remet sa démission au Conseil.

Le 20 janvier, le Comité Janson organise un grand meeting en présence d'étudiants, d'anciens et d'hommes politiques surtout, au terme duquel ils adoptent à l'unanimité un ordre du jour déclarant qu'il y a lieu de continuer l'agitation jusqu'à obtention de la réforme du Conseil. De son côté et après de houleux débats internes, l'UAE accorde son soutien au Conseil. Elle fait même une tentative de médiation auprès des étudiants signataires, qui se solde par une aggravation du problème puisqu'ils refusent dès lors, non seulement de revenir sur leurs positions, mais ne reconnaissent même plus l'autorité du Conseil. Conformément à la décision du Conseil, le pro-recteur Vanderkindere, envoie un courrier aux pères des 38 étudiants concernés et les fait comparaître un à un.
 
En réalité, depuis le début du conflit, le nombre de révoltés se porte à 302 (sur un total de 1316 inscrits). Mais Léon Vanderkindere fait preuve d'indulgence auprès des derniers signataires. Toutefois les 6 étudiants qui ont refusé de se rétracter - plus douze autres qui demandent à être considérés comme signataires - sont expulsés sur-le-champ. Le lendemain, le 30 janvier, Vanderkindere se fait chahuter dans les couloirs et fait fermer l'université avec le soutien du Conseil.

Le 13 février, le Conseil accepte les propositions suivantes de Paul Héger : réouverture des cours, réadmission des exclus qui reconnaitront formellement l'autorité du Conseil et expulsion définitive de Guillaume De Greef. Cependant, il ne se prononce pas concernant le cours d'Elisée Reclus, ni la réorganisation administrative de l'Université. Les 18 exclus reviennent fréquenter les cours mais refusent de reconnaître l'autorité du Conseil et le nouveau Recteur ferme les yeux. En mars a lieu le premier cours d'Elisée Reclus, dans un local prêté par la Loge des Amis Philanthropes. Les leçons se poursuivent toute l'année et seront reprises à la rentrée d'octobre par l'Institut des Hautes Études, de l'Université Nouvelle qui vient d'ouvrir.
 
 
Louis de Brouckère  /  Guillaume De Greef

En effet, voyant que le conflit est terminé mais que les réformes attendues n'ont pas lieu, le Comité Janson caresse l'idée de créer une nouvelle université. Dès janvier 1894, ils avaient organisé des cours destinés aux élèves exclus, afin d'assurer une sorte d'intérim, jusqu'à ce qu'ils soient réincorporés ; sans jamais songer à faire concurrence à l'ULB et encore moins à faire scission.

Cependant, le Comité a l'appui du public qui lui fait parvenir de nombreux dons (deux laboratoires de chimie, des locaux de la Commune à Saint-Josse et Saint-Gilles...). Le 31 janvier, le Comité met sur pied des cours gratuits et accessibles à tous. Mais la question de la création d'une université est écartée ce jour-là. Le succès est phénoménal et ce, même après la réouverture des cours à l'ULB. En février, le Comité décide donc de prolonger l'expérience et de créer deux facultés en Droit et Philosophie, en attendant de mettre en place une université complète (ce qui signifie au moins quatre facultés : en 1895, on créera les facultés de sciences et de médecine, et même une école polytechnique, mais elles cesseront faute de moyens en 1899).

L'établissement est baptisé École Libre d'Enseignement Supérieur ; il est plus communément appelé Université Nouvelle, bien qu'il ne forme pas une université au sens légal du terme. Son Comité d'Administration lance un appel dans la presse afin de recruter des enseignants et obtenir des dons matériels et financiers. Les résultats ne se font pas attendre et l'Université est inaugurée le 25 octobre 1894, rue des Minimes, dans l'ancienne maison de Verhaegen. Dans son discours, Edmond Picard y expose les buts et tendances du nouvel établissement.

L'Université Nouvelle durera jusqu'à la fin de le Grande Guerre, où elle fusionne avec l'ULB. Cette Université nouvelle n'a pas nui à l'ancienne. Elle apparaît même - ainsi que le dit Francine Noël dans 1894L'Université Libre de Bruxelles en crise - comme une crise de croissance salutaire, qui aura forcé l'université à mieux s'adapter aux exigences de son époque.
 
       
Université Nouvelle : Auditoire - Rayonnages - Salle de Géographie

 En 1894, le Conseil procède à une réforme des statuts organiques de l'Université qui est alors gérée de manière plus démocratique. Le principe de libre examen est inscrit à l'article premier des nouveaux statuts. Aujourd'hui encore, ils sont formulés ainsi :
  • Article 1 : L'Université Libre de Bruxelles fonde l'enseignement et la recherche sur le principe du libre examen. Celui-ci postule, en toute matière, le rejet de l'argument d'autorité et l'indépendance de jugement.
  • Article 2 : L'Université fonde son organisation sur la démocratie interne, l'indépendance, l'autonomie et la solidarité.
La démocratie interne postule la garantie de l'exercice des libertés fondamentales à l'intérieur de l'Université et la vocation des corps constitutifs de la communauté universitaire à participer, avec pouvoir délibératif, à la gestion de l'Université et au contrôle de cette gestion.