Quatre facultés existent depuis la création de l'Université : les facultés de Philosophie et Lettres, de Droit, Sciences et Médecine. Une cinquième Faculté de Sciences politiques et administratives était prévue, mais elle sera finalement rattachée à la Faculté de Droit.

La décennie 1850-1870 voit émerger la demande croissante d'un enseignement plus spécialisé, plus varié et plus scientifique. À raison, en effet, puisque l'algèbre et la physique élémentaire, par exemple, font encore partie du programme obligatoire en faculté de Philosophie et Lettres. En 1876, à l'initiative de Léon Vanderkindere, se tiennent les premiers cours pratiques d'histoire en Philosophie et Lettres. Ces séminaires inspirés de ce qui se fait à Liège depuis deux ans (eux-mêmes inspirés des pratiques allemandes) se veulent une alternative au règne sans partage des cours ex-cathedra.

Certaines facultés ont commencé ce travail de spécialisation un peu plus tôt. La Faculté de Droit a créé une section de notariat dès 1836. En 1842, pour pallier l'absence de formation officielle dans ce domaine, on crée l'École de Pharmacie et son musée. Auparavant en effet, rien n'obligeait les futurs pharmaciens à suivre des études universitaires. Leurs titres étaient délivrés par des commissions médicales provinciales qui fixaient librement le programme d'épreuves. Cependant, en 1864, elle décline dangereusement. On y remédie en engageant de nouveaux professeurs et en augmentant les programmes. Le résultat ne se fait pas attendre et la faculté fonctionne si bien qu'en 1880 on lui construit de nouveaux locaux. Elle y restera jusqu'au déménagement vers le Solbosch en 1924.
 
 
Ecole de pharmacie rue des finances.

Dans les années 1858-1865, la Ville avait fait construire − jouxtant le Palais Granvelle − le Palais de l'Université dans lequel sont installés les tout premiers laboratoires qui s'étoffent à l'occasion de la rénovation complète du Palais Granvelle entre 1883 et 1889. C'est en effet l'époque où l'on accorde davantage d'importance aux cours de chimie, physique et botanique en médecine et où l'on installe les premiers laboratoires qui vont très rapidement se développer, parallèlement aux cours pratiques. Les étudiants en médecine ont des cours « cliniques » dans divers hôpitaux bruxellois : le Vieux Saint-Jean de 1834 à 1843, le Nouveau Saint-Jean à partir de 1843 ; Saint-Pierre depuis 1834, l'hôpital militaire entre 1835 et 1878

 

Palais Granvelle. Labo

  
Dans la cour de l'Hôpital Saint-Jean

Les facultés et les diplômes se spécialisent et se subdivisent de plus en plus. La Faculté de Philosophie et Lettres ouvre les sections de Philologie classique, Philosophie et Histoire en 1890. En 1910, on crée la section de Philologie germanique, en 1920 celle de Philologie romane, et en 1931 les sections d'Histoire de l'Art et d'Archéologie. En 1922, la Faculté de Droit avait inauguré, quant à elle, les sections de Droit maritime et de Droit des assurances. L'École Polytechnique, fondée en 1873, se spécialise progressivement elle aussi et on crée de nouveaux cours. En 1890, lorsque la nouvelle loi sur la collation des grades académiques entre en vigueur, l'Ecole obtient officiellement le statut de faculté et on adjoint à son titre principal, la spécification de Faculté des Sciences appliquées.
    
Après une première tentative avortée (1878), les premières femmes sont autorisées à s'inscrire à l'ULB en 1880. Elles s'inscrivent principalement en sciences et en médecine et très vite, elles obtiennent le droit d'exercer les professions de médecin ou pharmacienne. Le barreau, par contre, leur reste interdit jusqu'en 1922. Dès l'ouverture en 1899, elles sont nombreuses aussi à s'inscrire en Faculté de sciences politiques et sociales. Les débuts sont toutefois difficiles puisqu'en 1905, il leur est encore interdit de rester parmi leurs condisciples masculins et entre les heures de cours... elles doivent se rendre dans la salle des professeurs.
 

La faculté de médecine

Dès 1906 apparaissent des problèmes techniques générés par l'éloignement entre la Cité des sciences et les différents hôpitaux où ont lieu les cours cliniques. Cette distance entrave la coopération médicale et la recherche. Par ailleurs, la question de la modernisation des hôpitaux bruxellois préoccupe depuis longtemps. On projette donc de construire un hôpital à proximité du Parc Léopold.
 
Hôpital Saint-Pierre. Salle d'opération. 1908
 
L'année 1911 est celle de la pose de la première pierre de l'hôpital moderne construit grâce à la seconde moitié du legs de Brugmann (mort en 1900). Cette construction entraîne la disparition de l'Hôpital Saint-Jean. L'enseignement clinique se donne aussi à l'Hôpital Saint-Pierre. La distance entre les deux hôpitaux menace d'aggraver encore les difficultés de coopération.

Auditoire de médecine. 1910-1911

D'autres projets de rapprochement émergent en 1914 mais seront postposés en raison de la Guerre.  Marie Depage avait entamé, avant guerre, des démarches de sensibilisation à cette situation auprès des Américains. Elles s'avèreront fructueuses après le conflit, surtout teintées du succès de l'Ambulance de l'Océan. En 1920, deux délégués de la Fondation Rockefeller sont chargés de venir sur place examiner les recours possibles à la dispersion des locaux de la Faculté de médecine. Des médecins membres de la CRB viennent également sur place. Un projet de centre médical réunissant les Instituts autours d'un hôpital universitaire voit le jour et reçoit la promesse de soutien des Américains en 1921. Les professeurs Jules Bordet, Antoine Depage, Albert Dustin et René Sand se rendent à New-York afin de fixer les termes de la convention établie entre l'ULB, la Ville de Bruxelles, le Conseil des Hospices et la Fondation Rockefeller. Il est décidé que les instituts seront construits à proximité immédiate d'un Hôpital universitaire moderne, qui serait érigé sur le site et en remplacement du vieil Hôpital Saint-Pierre et ce, dès l'achèvement de l'Hôpital Brugmann inauguré en 1923.
 
En 1922, l'État commence, par ailleurs,  à accorder des subsides aux universités libres. D'abord modestes, ils sont rapidement augmentés et institutionnalisés par la Loi de juin 1930 qui les porte aux 3/5 des crédits accordés aux Universités d'État.

L'École de médecine ouvre ses portes sur le site de l'ancienne caserne de Gendarmerie, Boulevard de Waterloo en 1928. La construction du nouvel Hôpital Saint-Pierre débute en 1929. Il abrite, entre autres, l'École d'infirmières Cavell-Depage.
 
Le nouvel Hôpital Saint-Pierre ouvre ses portes en 1935. L'Institut Jules Bordet et la Clinique Paul Héger s'ajoutent à Saint-Pierre en 1939. Une convention conclue avec les commissions d'assistance publique des communes de l'agglomération bruxelloise dote par ailleurs la faculté de 3.200 lits « d'enseignement ».
 
 
Ecole de médecine Bd. Waterloo

En 1944 se réalise la fusion des Facultés de Médecine et de Pharmacie. On y ouvre aussi, en 1945, l'Institut Supérieur d'Éducation Physique et de Kinésithérapie. La loi organique de 1850 a rendu le sport obligatoire, sans pour autant prévoir la formation des professeurs. Le même problème se pose en 1875 pour l'enseignement primaire.  Ernest Solvay soutient donc, avec Raoul Warocqué, l'initiative d'hommes politiques (Charles Buls, Adolphe Max). Ils envoient des professeurs se former en Suède. La première Guerre interrompt les projets de fusion avec l'ULB. L'École est dissoute en 1919 et ses fonds sont transférés à l'Université qui inscrit un cours d'éducation physique au programme de l'École de pédagogie en 1920-1921. En effet, la Faculté des Sciences Psychologiques et Pédagogiques est née en 1919. C'est une innovation dans le domaine. On y dispense des cours de pédagogie dont le diplôme sera officiellement reconnu en 1929 par la loi sur les grades académiques. En 1936, la Fondation Adriesse finance la construction des locaux de l'Institut supérieur d'Éducation Physique et de Kinésithérapie et après une nouvelle interruption due à la guerre, il est annexé à la faculté de médecine en 1945. À cette date, l'Institut est alors habilité à délivrer des diplômes de Licencié en éducation physique et d'Agrégé de l'enseignement moyen du degré supérieur et de Docteur en éducation physique.
 

Créations de Facultés et Centres

  • 1946 : Faculté de Sciences Sociales, politiques et Économiques ; fusion de l'École de Sciences politiques et sociales et de l'École de Commerce dont la structure devient unitaire en 1964.
  • 1951 : Centre Emile Bernheim, CEBEA.
  • 1952 : Institut de Statistique
  • 1953 :  DULBEA : Département d'Economie Appliquée de l'Université Libre de Bruxelles.
  • 1955 : Institut du Travail
  • 1961-1962 : Institut de Phonétique
  • 1964 : Institut d'Études Européennes
  • 1965 : Centre Universitaire du Film, de la Télévision et de la Photographie Scientifiques, CUFS.
  • 1970 : Centre de Calcul
Et en 1886, l'Association Générale des étudiants voit le jour.
Les étudiants se rassemblent et dans les années 1890-1891 apparaissent les premiers cercles facultaires.